解决了情报组织和屯垦兵团的问题，斐迪南又把注意力转到了第二次远航上。
地理大发现时期的航海条件是十分恶劣的，搁浅家常便饭，海难纯属正常，就连迪亚士，也是遭遇海难死在了卡布拉尔发现巴西后返航的路上。经度也不能测定。
以上这些斐迪南是无法改变的，当然他给自己率先用了盖伦船，至少生命安全系数提高了一点，不过他在另外两个问题上却有解决的办法——淡水保鲜和坏血病。只要柠檬就可以解决一切了，虽然朗姆酒也可以，但目前他还没有时间专门为了朗姆酒种甘蔗，而且甘蔗不适应欧洲的气候，现在产量不高。
完整的柠檬在常温下可以保存一个月左右。在淡水中滴加几滴青柠汁就可以对淡水进行有效保鲜。
但是一个月时间，刚好够从欧洲到新大陆，进一步航行时就无可奈何了。此外斐迪南也看过一些网文，似乎青柠汁并不能包治百病，实际上并没有那么深，在温暖水域待久了，淡水还是会变质，又要靠朗姆酒来解决。
但是斐迪南不会轻易放弃，他的对策是从柠檬中直接提取天然柠檬酸。
天然柠檬酸的提取过程主要如下：
1.原料：将柠檬榨汁。
2.中和：柠檬汁加热至75摄氏度时，逐渐加入碳酸钙乳浆（最好为15%浓度），继续加热2小时，初温控制在5摄氏度左右，最后可升高到100摄氏度，至溶液呈青绿色时，即表示已完成中和反应。然后静置沉淀，此沉淀即为果酸钙（以柠檬酸钙为主）。
3.除盐：所得柠檬酸钙含有盐分，可用清水洗涤，加热至70—80摄氏度，反复多次，直至盐分除净为止，干燥备用。
4.酸解：柠檬酸钙浆液加热至60—70摄氏度，加入浓度为35%的硫酸，沸腾3小时左右，待柠檬酸钙分解完成，即静置沉淀，上层清液为暗红色柠檬酸溶液。
5.浓缩、晶析：将暗红色柠檬酸液进行浓缩，至固形物含量75%时，于结晶缸内静置结晶。4—5天可完成晶析。
此时斐迪南之前做的那些科研工作就体现出价值来了，比如说他现在可以测定摄氏度温度。至于硫酸的浓度？浓硫酸或者纯硫酸稀释到2/5就搞定了。
说到硫酸的制取，又得费一番功夫了，暂时斐迪南没有管硫酸的大规模工业化生产问题，而是采用17世纪发现的早期量产方法——将硫与硝酸钾混合蒸汽加热制出硫酸，在这过程中，硝酸钾分解并氧化硫令其成为能与水混合并变为硫酸的三氧化硫。
看来科技真的是一环套一环，科技树不是你想点哪里点哪里的。
这个时代的条件，斐迪南并没有应用活性炭搞什么脱色处理，暗红色的结晶水合物看上去一样很有美感。
柠檬酸是一种食品防腐剂，并且是化妆品，药品和饮料等产品的成分。从生产之日算起，柠檬酸的保质期是三年。在原始密封容器内保存，这种酸的化学构成和效力能保持稳定至少5年时间。用于航海完全够了。
不过，并不是说柠檬就不要了，柠檬富含维生素C是对抗坏血病、中暑烦渴、支气管炎等疾病和症状的利器。
柠檬在欧洲从15世纪中期的意大利城市热那亚开始得到种植，维拉法兰卡柠檬产于意大利西西里岛，果实椭圆形，单果重140g左右，少核，果顶部乳突明显，果皮浅黄色，较光滑，果肉柔软多汁，味酸，香气浓，品质佳。
斐迪南因此从西西里调拨订购了几百棵柠檬树，用于制取柠檬酸，还有一些移种撒丁岛。这时西班牙本土也开始产柠檬了，不劳他费心。
这个时代的船队大规模远航，因为淡水变质生病还有得坏血病的死者不计其数，用酒类作为替代品的成本也非常高。现在有了柠檬酸的生产工艺，斐迪南的船队就可以节约大量的成本并且减少人员损失。
自然，这一技术需要严格保密，只在撒丁岛进行柠檬酸的提取，尼德霍格小组的总部既然设在撒丁岛，他们的首要任务自然就是技术保密。自家的技术都保不住，那么谈什么刺探对手？对于保密，斐迪南是很有信心的。当年英国仅凭立法禁止纺织工人出境，就把水力纺纱机保存了十年，而且还是在众人皆知，各国求“贤”若渴的情况之下，没理由他搞不定。
那么，柠檬酸的应用也要受到限制，比如说，这一次斐迪南只给自己增加的34艘船存储了柠檬酸和一些柠檬，甚至哥伦布都不知道这种事情。原本的历史上17艘船载满了达官贵人和贵族水手，没有一点团结性和可靠性可言。斐迪南根本信不过他们。比如说，这一次的远航有少量阿拉贡人，但是斐迪南几乎是羞于与他们见面，后来统统感染了梅毒不说，还私自夺船跑回阿拉贡向斐迪南告状，偏偏原主还饶有兴致地要为他们“主持公道”，照斐迪南的意见，哥伦布是有问题，但是在此之前，先把这帮家伙绞死了再说。
所以斐迪南只会在自己直接控制的探险队和王室船队上储备柠檬和柠檬酸，然后再满满扩大，至于别的国家，先让他们多喝喝酒再说，不然以后他的朗姆和雪利，打不开销路啊。
其实斐迪南除了人为的保密措施，还有天然的防护网，就是技术鸿沟。
首先温度计要知道怎么做，当然这不是太难的事情，但是工人和工匠并不会被告知，所以还需费一番功夫，还有就是柠檬树，不是哪个国家都有充足的资源。支撑整个国家的航海事业，只靠买显然是不行的。还有一点很重要，就是硫酸的大规模生产！这个和柠檬酸的制作是分离进行的，这个时代的欧洲，两百多年之内，都不知道如何进行硫酸的哪怕最低级的大规模生产，所以即便欧洲其他国家知道了秘密，也无能为力，只能采用柠檬汁，那样还是要花费很多酒，成本依旧降不下来。
另外，如果欧洲国家，尤其是葡萄牙和英格兰，假如真的盗取成功，并不见得有什么好处，因为斐迪南巴不得它们主动搞事，给自己发动战争的理由呢。法兰西也得悠着点，要是做了什么伤感情的行为，西班牙志愿军出现在神罗皇帝的军营里就不是什么奇怪的事情了。